Марко, вы абсолютно уверены, что ваши настройки VCS для магистрального проекта не включают источники из ветви?
Ваша конфигурация должна выглядеть примерно так:
svn: // server /root (VCS root)
trunk =>.(правила проверки для сборки ствола) branch / dev =>.(правила проверки для построения ветки)
В этом случае все должно работать как положено.
Другое дело - если ваша магистраль и ветка ссылаются на один и тот же внешний SVN, и в этом есть изменениевнешний, обе сборки будут запущены.