Я использую Виндзор, и мне не на что жаловаться. Простой в использовании, расширяемый, когда вам это нужно, и много информации, если вы застряли. Но я не думаю, что это так важно, какой контейнер вы выберете. Все они, о которых вы упомянули, имеют общие черты, а также есть адаптеры для mvc, доступные в проекте mvccontrib. Переключение на другой контейнер не должно быть сложным, если вы упаковываете контейнер в собственный класс, что в любом случае является хорошей практикой.