На данный момент нет хорошего ответа на этот вопрос. На данный момент существует проект Summer of Code, который переписывает процесс загрузки приложения, который, как мы надеемся, будет включать в себя хуки для кода инициализации.
Между тем, я думаю, что лучшее место для этого - urls.py. Приложение администратора и Haystack делают это там, и это кажется хорошим примером.