Я только что нашел другой способ перенести проект. Я использую Flash Builder 4.5.
1) Выберите проект для перемещения
2) В контекстном меню выберите седьмую опцию «Переместить ...»
3) Выберите новое местоположение
4) Вам будет предложено выполнить копию проекта!
5) Перезапустите рабочее пространство, теперь все в порядке, вы можете работать над своим проектом ...