Наличие неиспользованных хуков (вызовы do_action, apply_filters и т. Д.) Не приведет к значительному снижению производительности.Это вызовы функций, практически не требующие дополнительных затрат (кроме самого вызова функции и проверки наличия ключа в массиве).
А обеспечение действия и перехватов фильтров - правильная вещь в любом используемом коде.в WordPress.