Изменение веб-сайта на веб-приложение может быть хорошим решением, но это может занять много плюсов и минусов, и вам нужно время, чтобы изменить и управлять этим.
Изменение следующего флага, позволит просто убрать случайное App_web_xyz.dll
Solution Explorer
Publish Website
Precompile during publishing
Configure
Merge options
[X] Do not merge
Изменить на
[X] Merge each individual folder output to its own assembly
или
[X] Merge all pages and control outputs to a single assembly
Будьте осторожны, после этого изменения, если два разных файла .aspx с одинаковым именем класса вызовут ошибку публикации! Вы должны реорганизовать и переименовать каждый повторяющийся класс.