Проблема решена.У меня есть две установки php, одна установлена LAMPP, на которой установлены все необходимые драйверы pdo, а другая установлена в системе (я не знаю, поставляется ли она с ubuntu по умолчанию, или я установил ее в какой-то момент) с включенным PDO, но без PDOводители.CLI работает со вторым PHP, если вы не скажете ему иначе.Я работал с Doctrine из CLI, но выполнял bash-файл, который вызывает некоторый php-код.В первой строке файла .doctrine я могу сказать системе, какой php я хочу использовать:
#!/root/to/lampp/php
И это сработало (на самом деле это не создает таблицы базы данных, которые предполагается создать, но этодругая проблема, которую мне еще предстоит решить.