Вам нужно будет создать пользовательский viewengine, который читает файлы aspx, изменяет их по мере необходимости, а затем передает их какому-либо провайдеру сборки. WebFormsViewEngine использует класс System.Web.Complilation.BuildManager для создания файлов aspx. Ваша проблема в том, что BuildManager принимает только виртуальные пути, он не принимает потоки или строки. Это означает, что вам, вероятно, придется также создать свой собственный менеджер сборки. Посмотрите вокруг в пространстве имен System.Web.Compilcation и посмотрите, сможете ли вы найти что-нибудь, что может вам помочь. Ниже приведены несколько источников, которые могут указать вам правильное направление.
Этот может быть полезным ресурсом.