Немного различий, которые я видел в IE9 Doc Mode по сравнению с реальным IE8 или IE7:
1) Если изображение PNG имеет непрозрачность (через собственный CSS-фильтр), в реальном IE8 / IE7 отображаются черные линии.
2) Производительность JavaScript в 'Real IE8 / IE7' явно не такая высокая, как у IE9.
3) Шрифты также обычно имеют проблемы с отображением в различных режимах: http://blog.typekit.com/2013/03/14/the-dangers-of-cross-browser-testing-with-ie9s-browser-modes/ и сглаживание шрифтов является проблемой в Windows XP.
4) У встроенных видеороликов YouTube есть проблемы с z-индексами, перекрывающие другие элементы (исправлено wmode).
5) Собственные CSS-фильтры работают правильнов «реальном IE8», но не отображаются, если применяются к элементу HTML5 в режиме IE9 doc.(Столкнулся с этим один раз)
Резюме: Если сайт, который вы создаете, интенсивно использует JavaScript или клиент очень обеспокоен пользователями в IE7 / 8, проверьте Real IE 7/8 и устраните проблемыиз.