Я не верю, что вы можете зашифровать отдельную строку подключения как часть раздела ConnectionStrings.Это связано с тем, что объекты ConfigurationElement (производные от ConnectionStringSetting) имеют свойство ElementInformation, которое не имеет метода Protect.ConfigurationSection имеет свойство SectionInformation, которое имеет метод Protect, ConnectionStringsSection наследует от ConfigurationSection.
Таким образом, с учетом сказанного вы можете зашифровать ConnectionStringsSection, но не ConnectionStringSetting.
Однако не все потеряно.У вас есть возможность создавать разделы / элементы, чтобы поддерживать незашифрованные (или зашифрованные в зависимости от того, каким образом вы хотите использовать) строки подключения.Вы просто не сможете получить к ним доступ, используя свойство ConnectionStrings в WebConfigurationManager.