Я пытался отключиться на уровне подпапок, а не на уровне проекта, где произошла первоначальная проверка.Я закончил тем, что разбил проект в subversion на несколько проектов, очистил все от файловой системы и сделал проверку с использованием subclipse.Теперь все синхронизировано, как и ожидалось.