Возможно, вы можете выполнить то, что вы описываете, используя start и scope, а не filter:
<cfldap start="dc=primaryDomain,dc=com" scope="base" .....>
См. документы
edit
Кроме того, вы можете сначала получить всех пользователей через весь каталог, а затем отфильтровать его с помощью запроса Query of Query.
<cfquery dbtype="query" name="filteredLDAP">
SELECT * FROM ldapResults WHERE dn not LIKE '%domainA%'
</cfquery>