Ваше событие после сборки является частью сборки namedconfiguration - поэтому оно будет выполнено как часть сборки проекта / конфигурации.
По крайней мере, мой опыт запуска MSBuild из командной строки.
Может быть, я неправильно понимаю ваш вопрос.
Возможно, если вы объясните, что вы пытаетесь сделать, мы можем придумать способ решить эту проблему - вместо того, чтобы пытаться ответить на вашу конкретную реализацию ...