Я не уверен, что правильно понял вопрос, но я думаю, что вы хотите что-то вроде
string path = Server.MapPath(YOURPATH);
List<string> files = Directory.GetFiles(path, "*.jpg", SearchOption.AllDirectories);
или что-то вроде
string path = Server.MapPath(YOURPATH);
List<string> picFolders = new List<string>();
if(Directory.GetFiles(path, "*.jpg").Length > 0)
picFolders.Add(path)
foreach(string dir in Directory.GetDirectories(path, "*", SearchOption.AllDirectories))
{
if(Directory.GetFiles(dir, "*.jpg").Length > 0)
picFolders.Add(dir)
}