Я перевожу свой комментарий на полный ответ здесь. Это проблема конфигурации MySQL, и вы можете получить лучший ответ при сбое сервера.
ANALYZE TABLE выполняет две вещи, которые могут вызвать проблемы на вашем сервере. Во-первых, это команда, выполнение которой занимает много времени. Из вашего слишком краткого описания проблемы я догадался, что ваше приложение выполняет очень много коротких подключений к базе данных. Поскольку ANALYZE занимает много времени, соединение, используемое во время работы, заблокировано. Если приложение использует пул соединений или имеет определенное для приложения ограничение на количество подключений, которое оно может установить, я бы установил для этого параметра значение 3, меньшее ограничения на количество подключений MySQL, чтобы позволить вам выполнять такую работу.
Во-вторых, ANALYZE TABLE для таблицы MyISAM перестраивает индексы. Это означает, что MySQL пытается загрузить всю таблицу в память (или прочитать всю таблицу), чтобы заново построить индексы. Это вызывает блокировку таблицы для таблицы и занимает огромный кусок памяти, что препятствует способности MySQL выполнять другую работу (например, запускать ваше приложение).
Мое реальное предложение - перейти на InnoDB, а не на MyISAM. Он намного лучше справляется с управлением памятью, индексами и данными. Это быстрее, чем MyISAM для размеров таблицы, с которыми вы имеете дело, и меньше головной боли.