Если вы зададите тему страницы в конфигурации, все файлы .css в папке App_Themes / YourTheme будут ссылаться автоматически.
<system.web>
<pages theme="ThemeName">
<controls>
</controls>
</pages>
<system.web>
Итак, вам не нужно добавлять ссылки на ваши CSS-файлы.
Один улов, хотя, CSS-файлы будут ссылаться в алфавитном порядке (насколько я знаю, нет способа изменить это), поэтому, если вы хотите, чтобы один файл .css перекрывал другой, вам нужно быть осторожным с имена файлов.