У меня была похожая проблема: моему установочному расширению (настраиваемое действие) требовались права администратора, которые вызывали окно повышения прав. После того, как я запустил свое приложение в конце «Только для меня», у процесса были настройки, которые были сделаны для контекста администратора. Например, моя учетная запись пользователя любит видеть все расширения файлов в проводнике Windows, но учетная запись администратора была настроена для их скрытия. Поэтому в каждом открытом окне я не видел расширений. Чтобы вылечить это, этот кусок кода работал:
ProcessStartInfo startInfo = new ProcessStartInfo(ShortcutTarget);
startInfo.LoadUserProfile = true;
startInfo.UseShellExecute = false;
Process.Start(startInfo);
Работает только в режиме «Только для меня», в «Все» используются настройки администратора. Но это нормально для меня.