Возможно, проблема в доменной переменной BASE_URL, которая не является частью констант CI, возможно, не содержит того, что вы ожидаете или чего требует инициализация cookie.
Попробуйте сделать это так:
//Setup a guid
$guid = uniqid();
//Setup a random cookie and point it to db user
$cookie = array(
'name' => 'TheCookieName',
'value' => $guid,
'expire' => 86500, // have a high cookie time till you make sure you actually set the cookie
'domain' => '.example.org', // the first . to make sure subdomains isn't a problem
'path' => '/',
'secure' => TRUE
);
set_cookie($cookie);
Помните, что файлы cookie никогда не будут доступны, пока не будет сделан новый запрос.
Перенаправьте на другую страницу в домене, указанном в настройке файла cookie, и снова проверьте наличие файла cookie.