Если вы собираетесь выбирать или обновлять только части XML, лучше всего использовать объектное реляционное хранилище. Единственным недостатком является то, что, поскольку xml измельчен внутри, пробелы и форматирование удалены, но, как говорится в документе, он по-прежнему соответствует DOM.
Если вы собираетесь использовать базу данных только в качестве хранилища и все манипуляции с XML будут выполняться на стороне клиента, используйте опцию хранилища больших объектов.
Если вы используете 11g, теперь у него есть XMLIndex, который значительно повышает производительность при обновлении / выборе полей XMLType, хранящихся с опцией LOB.