Если у вас миллионы пользователей и в среднем по 2 МБ данных на пользователя, вы получите около 2 ТБ.Я думаю, что это слишком много для хранения в одном файле базы данных.С другой стороны, вы также не хотите использовать миллионы файлов баз данных.
Я бы использовал несколько баз данных, каждая из которых имеет до 1000 пользователей (в зависимости от объема данных).
Затем можно создать несколько схем (но учтите, что для H2 метаданные схемы хранятся в памяти) или добавить столбец userId в каждую таблицу.