Модуль Perl для конвертации OWL файлов в OBO - PullRequest
Новая
       9

Модуль Perl для конвертации OWL файлов в OBO

1 голос
/ 22 февраля 2012

Я новичок в Perl и никогда раньше не использовал модуль CPAN, мне нужно конвертировать OWL-файл в формат OBO.Я успешно установил модуль «ONTO-PERL-1.37».Я хочу использовать следующий скрипт: 

use Carp;
use strict;
use warnings;

use OBO::Parser::OWLParser;

my $my_parser = OBO::Parser::OWLParser->new();
my $ontology = $my_parser->work(shift(@ARGV));
$ontology->export('obo');

exit 0;

END

Мой вопрос: нужно ли мне объявить входной файл OWL, если да, как это можно сделатьдля приведенного выше сценария?

1 Ответ

2 голосов
/ 04 марта 2012

Этот скрипт принимает аргумент из командной строки. Это то, для чего shift(@ARGV). shift удаляет первый элемент из списка, а @ARGV - это список, заполненный именем файла, заданным в качестве аргумента командной строки, при запуске сценария с perl owl2obo.pl my-ontology.owl.

Если это проще, вы можете изменить скрипт с помощью 

 my $ontology = $my_parser->work('/the/path/to/ontology.owl');

или 

 my $owlfile = shift(@ARGV) || '/path/to/owlfile.owl';
 my $ontology = $my_parser->work($owlfile);

.

...