Вы должны проверить это дважды:
if ([[file pathExtension] isEqualToString:@"caf"] ||
[[file pathExtension] isEqualToString:@"aac"])
Или, чтобы избежать повторения, сделайте это следующим образом:
NSString *ext = [file pathExtension];
if ([ext isEqualToString:@"caf"] ||
[ext isEqualToString:@"aac"])