Вы всегда должны использовать сканер Java для чтения входных данных.
Для существующего кода, предполагая, что String str = br.readLine();
заставляет str содержать строку хотя бы одного целого числа, например. "10 20 30 40 50"
Что вам нужно сделать, это:
Scanner sc = new Scanner(str);
While (sc.hasNext())
{
System.out.println(sc.nextInt());
// ...or assign it to an array elment...your choice!
}