Я думаю, вы неправильно понимаете, как работает Git.Файлы в вашем каталоге .git хранят информацию, необходимую Git для работы.Сюда входит информация о хранилище (коммиты, объекты, указатели и т. Д.), А также метаинформация (локальный индекс, локальные настройки и т. Д.).Файлы внутри каталога .git не хранятся в хранилище, так как они по существу являются хранилищем.Мета-информация (например, настройки в .git / config) не будет передаваться в удаленные репозитории.
См. эту запись в Git Community Book для краткого обзора .git.каталог, и этот вопрос для дальнейшего обсуждения.