Опции, которые вы использовали, копировали пустые папки для меня в Vista.Я не знаю, есть ли различия в версиях Windows.
/ S и / E являются взаимоисключающими./ E копирует подпапки, включая пустые./ S копирует подпапки, но игнорирует пустые.
Я думал, что победит последняя указанная опция, поэтому используемая вами команда должна работать.Вы можете попробовать удалить параметр / S и посмотреть, поможет ли это в вашей системе.
Или, возможно, я не понимаю ваш вопрос?