Если я правильно понимаю вопрос и комментарии, то вы хотите использовать что-то вроде Runtime.exec (String) .
String command = "make stuff" ; the make command you wish to run
String [] envp = { } ; if you want to set some environment variables
File dir = new File ( "/home/me/" ) ; // this is the directory where the Makefile is
Process proc = Runtime.getRuntime().exec(command,envp,dir);
proc.waitFor ( ) ;