Его нельзя отключить, так как он находится в списке недобросовестных предупреждений Microsoft.
Если у вас есть исходный код для библиотек, которые вы используете, вы можете перестроить их в режиме отладки и скопировать сгенерированные файлы * .pdb в тот же каталог, в котором находятся ссылки на библиотеки.
Если у вас нет источника, есть обходной путь, но он включает в себя редактирование гексера в компоновщике: https://connect.microsoft.com/VisualStudio/feedback/details/176188/can-not-disable-warning-lnk4099
По сути, отредактируйте ваш link.exe (после его резервного копирования!), Чтобы убрать
появление 4099 в списке невежественных предупреждений. Я сделал это и
около ста 4099 предупреждений исчезли! [Посмотрите
для шестнадцатеричных байтов 03 10 00 00 (что составляет 4099 как 32-битный
шестнадцатеричное значение). Измените его на (скажем) FF FF 00 00, сохраните файл и вы
сделано.