Это может работать для вас:
# mkdir temp && cd temp && touch file.{a..e}
# ls
file.a file.b file.c file.d file.e
# md5sum * | sed -e 's/\([^ ]*\) \(.*\(\..*\)\)$/mv -v \2 \1\3/' | sh
`file.a' -> `d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.a'
`file.b' -> `d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.b'
`file.c' -> `d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.c'
`file.d' -> `d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.d'
`file.e' -> `d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e.e'
Или GNU sed может сделать это еще короче:
# md5sum * | sed -e 's/\([^ ]*\) \(.*\(\..*\)\)$/mv -v \2 \1\3/e'