Не уверен, что именно вы хотите здесь ... вы хотите получить доступ к диспетчеру скриптов вашей главной страницы или просто masterpage
?
Вы можете получить доступ к главной странице с помощью Page.Master
в коде
Или
using System.Web.UI;
ScriptManager ScriptManager1 = (ScriptManager)Page.Master.FindControl("ScriptManager1")
// to access the script manager of master page
или
Page.Master.Controls.Add(Your UserControl object)
// to add the user control in your master page