Когда пользователь создает файл, по умолчанию для него устанавливается владелец файла. Поэтому, когда вы запускаете команды от имени администратора, которые создают файлы, эти файлы принадлежат администратору, а не вам. Вам либо нужно найти команду меньшего размера для runas администратора, которая не создает тонны файлов, либо вам нужно добавить еще одну команду runas, которая меняет владельца этих файлов обратно на вашего пользователя.
Должен признаться, у меня нет опыта программирования на Windows, так как я из мира Linux, но я уверен, что кто-то другой может помочь вам найти подходящие команды, если вы напишете какой-то код, чтобы помочь нам понять, что вы пытаемся сделать.