Не обязательно использовать Guid для userId в членстве провайдера. Вы будете использовать официальных провайдеров .Net. Оба (Mysql и Postgres) имеют хорошо поддерживаемые провайдеры .Net. MySql провайдер поддерживает провайдера членства, поэтому, если вы используете MySql, вам не нужно беспокоиться о Guid. Я не уверен насчет Postgres.
В любом случае, вы всегда можете реализовать своего собственного провайдера членства, что, я думаю, является лучшим решением.