Когда окно необходимо перекрасить, ему будет отправлено сообщение WM_PAINT.На этом этапе вы должны перерисовать все окно или хотя бы все его части, которые содержатся в области отсечения.Windows выполняет некоторую буферизацию и автоматическое рисование, в частности, она перекрашивает части окна, которые покрыты другими окнами, а затем открываются.Как только размер окна был изменен или (предположительно) признан недействительным, вы сами.
Как подсказал @daniel, если рисование - интенсивный процесс, и вы не хотите делать это каждый раз, когдатребуется перекраска, рендеринг вашего контента в растровое изображение (которое в данном случае будет закадровым буфером) и BitBlt (копирование) его в окно по мере необходимости.
Возьмите себе копию книги Чарльза Петцольда "Программирование Windows »для получения информации о том, как вам следует заниматься рисованием.Если вы пишете приложение WinAPI, но используете SetPixel, я бы порекомендовал прочитать полные первые несколько глав, чтобы понять, как должна быть структурирована программа Windows для старой школы.