Я полагаю, что вы просто присваиваете null отдельным свойствам навигации и вызываете Clear для дочерних свойств навигации:
Employee
{
SomeOtherEntity SomeOtherEntityNavigation { get; set;}
ICollection<Blah> Blahs {get; set;}
}
//somewhere
anEmployee.SomeOtherEntityNavigation = null;
anEmployee.Blahs.Clear();
Затем сохраните ваш DBContext.
Также обратите внимание, что когда вы изначально создаете экземпляр сущности, он не будет иметь никаких отношений с другими сущностями, если у вас не будет какой-то магии, происходящей где-то на вашем уровне данных или в БД, которая автоматически связывает новые сущности.