Какую команду вы вызывали именно при запуске git gc?
Обратите внимание на man-страницу git gc:
Необязательная переменная конфигурации gc.pruneExpire контролирует, сколько лет необработанным свободным объектам должно быть до их удаления. По умолчанию «2 недели назад»
Так что, если ваш блоб младше 14 дней, вам нужно позвонить
git gc --prune=<date> (for date you also can insert now)