Заголовок полностью описывает проблему.
Следующие оба молчали.
Toolkit.getDefaultToolkit().beep(); System.out.print('\u0007');
Редактировать: эта проблема наблюдалась в Eclipse 3.5.2 и Ubuntu 10.10.
Просто
Display.getCurrent().beep();
Этот отчет об ошибке указывает на то, что это проблема с Ubuntu 10.10.
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/beep/+bug/677870