Я бы попробовал сравнить размер, mtime и atime; должно быть очень трудно, чтобы те были одинаковыми (за исключением бессмыслицы, такой как, скажем, stat на дескрипторе файла на win32, предоставляющем вам информацию для текущего файла в файловой системе независимо от того, находится ли ваш дескриптор файла на удаленном экземпляре). Если возможно, что ваш файл будет удален и заменен идентичным файлом несколько раз в течение данной секунды, и вам придется это обнаружить, то вам, возможно, придется обратиться к архитектурному решению, например, использовать нумерованные версии вашего файла или что-то в этом роде.