Я не уверен, стоит ли вам это делать, но попробуйте что-то вроде этого (из Проекта установки VS 2010, не уверен, то же самое или нет)
Установите свойство Application Folder
DefaultLocation
в нужное место ([ProgramFilesFolder][Manufacturer]\[ProductName]
)
Щелкните правой кнопкой мыши проект установки и перейдите к View -> User Interface
Удалить диалог Installation Folder