Я считаю, что в Eclipse единственным типом исключений, которые вы можете указать, являются такие вещи, как «исключить все защищенные элементы» и исключения на основе пакетов (не исключения на основе классов).
Если вы используете Ant для их генерации, вы можете использовать вложенный элемент "package", а также использовать вложенный элемент набора файлов и добавлять исключения в этот набор файлов.
Например:
<javadoc >
<sourcefiles>
<fileset dir="${src}">
<include name="**/*.java"/>
<exclude name="**/ClassToExclude.java"/>
</fileset>
</sourcefiles>
<packageset>
<dirset dir="${src}">
<include name="com.mydomain.*"/>
<exclude name="com.mydomain.excludePackage"/>
</dirset>
</packageset>
</javadoc>
P.S. - Я использовал элемент <sourcefiles>
много, но никогда не использовал элемент <packageset>
. Последний может быть синтаксически не точным.