Именованный собственный запрос : объем этого запроса является контекстом постоянства и может использоваться в приложении путем указания его идентификатора. Запрос не может быть изменен впоследствии, его статический.
Они проверяются только один раз при запуске сервера (специфично для JBoss)
Собственный запрос : Простой собственный SQL-запрос. Может построить динамический запрос во время выполнения и выполнить его. Они будут проверяться при каждом выполнении запроса.
В небольших приложениях с обычными операциями с базой данных разница может быть не ощутимой, но в корпоративных приложениях с многочисленными вызовами базы данных это даст эффект.
Производительность именованных нативных запросов лучше, чем у нативных.