Это кажется невозможным без линейного сканирования по вектору. API просто не предоставляет ненулевые индексы. (Я бы написал авторам на вашем месте, так как они скрывают информацию, которая может быть очень полезна при сериализации разреженных векторов.)
В прошлом у меня были похожие проблемы с разреженными матрицами UBLAS, что в итоге заставило меня свернуть свои собственные.