Документация гласит:
-системный каталог
Поиск в каталоге заголовочных файлов после всех каталогов, указанных в -I, но до стандартных системных каталогов. Отметьте его как системный каталог, чтобы он получал ту же специальную обработку, которая применяется к стандартным системным каталогам. Если dir начинается с =, то = будет заменен префиксом sysroot; смотрите --sysroot и -isysroot.
Так что вы используете это неправильно. Вам нужно указать каталог для самой опции -isystem, он не работает как «модификатор» опции -I, как вы, похоже, пытаетесь.
Я считаю, что ваша команда должна быть:
$ gcc -isystem ../include hello.c
Системные заголовки получают специальную обработку w.r.t. предупреждения (поскольку они предназначены только для чтения, а некоторые не могут быть записаны в строго соответствующем коде)