В окне на iPhone должен быть только один контроллер вида.Только один контроллер должен контролировать представление одновременно.
Это будет проблемой:
[self.window addSubview:viewController2.view];
[self.window addSubview:viewController.view];
[EDIT] На самом деле, есть случаи, когда вы можете иметь два контроллера представлениянапример, активным на iPad, вы можете иметь контроллер представления во всплывающем окне.