Не могли бы вы объяснить более подробно? Если я понимаю вашу проблему, попробуйте установить FLAG_ACTIVITY_NO_HISTORY.
В качестве альтернативы ручным решением было бы проверить FLAG_ACTIVITY_LAUNCHED_FROM_HISTORY по назначению в MyActivity и запустить основной вид деятельности, если вы видите этот флаг установленным Следующий код должен сделать это:
if ((getIntent().getFlags() & FLAG_ACTIVITY_LAUNCHED_FROM_HISTORY) > 0) {
activity.startActivity(new Intent(context , MainActivity.class).addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP));
}