Для Android: Whatsapp основан на C2DM, и когда приложение открывается, оно открывает XMPP-соединение с их службой для мгновенной доставки сообщений.Они также могут использовать MQTT в качестве протокола для минимизации использования батареи.Вот и все.
Редактировать: я узнал больше, Facebook использует MQTT в своем приложении для обмена сообщениями.Whatsapp построен на XMPP со своими собственными расширениями.Их серверная часть работает поверх ejabbard (реализация XMPP в erlang).http://www.ejabberd.im/
На устройствах до версии 2.1 WhatsApp, вероятно, сохраняет соединение открытым для своих серверов XMPP в фоновом режиме, но это не очень хорошо для времени автономной работы.