Для этого вы можете использовать нубийские packbits и unpackbits . Первая функция проста в использовании, но для ее реконструкции вам потребуются дополнительные манипуляции. Вот пример:
import numpy as np
# original boolean array
A1 = np.array([
[0, 1, 1, 0, 1],
[0, 0, 1, 1, 1],
[1, 1, 1, 1, 1],
], dtype=np.bool)
# packed data
A2 = np.packbits(A1, axis=None)
# checking the size
print len(A1.tostring()) # 15 bytes
print len(A2.tostring()) # 2 bytes (ceil(15/8))
# reconstructing from packed data. You need to resize and reshape
A3 = np.unpackbits(A2, axis=None)[:A1.size].reshape(A1.shape).astype(np.bool)
# and the arrays are equal
print np.array_equal(A1, A3) # True