У меня была та же проблема с приложением (совместимым с 4.2.1, ранее только 4.3+), которое появилось в App Store прошлой ночью и не установилось на устройстве 4.2.1 до сегодняшнего утра. Интересно, что новый бинарный файл был определенно в магазине, поскольку он был установлен на устройстве iOS 5 и имел новые функции в комплекте с новой сборкой.
Я предполагаю, что есть какой-то отдельный сервер управления версиями или что-то, что не синхронизировано с серверами загрузки, потому что кажется, что оно задерживается на несколько часов.