Да. Используйте код внутри функции перемещения в вашей функции (часть с connections.push bla bla bla).
Вот этот:
for (var i = connections.length; i--;) {
r.connection(connections[i]);
}
Вставьте это на каждом шаге вашей анимационной функции. (Это из версии по умолчанию ... если вы внесли изменения, адаптируйте ее).
Это воссоздает соединения между вашими узлами в новой позиции.