Ну, некоторые вещи изменились при переходе с VS2003 на VS2005, одна из них - способ, которым разработчик форм добавляет код в ваш класс Form. Он создает отдельный класс .designer.cs и создает частичный класс с тем же именем, что и у вашего основного класса формы. Весь созданный дизайнером код теперь идет в этом фоновом классе. Это сделано для того, чтобы сгенерированный дизайнером формы код не попадал вам в голову.
Теперь вполне вероятно, что конструктор VS2005 больше не распознает код конструктора в файле, созданный предыдущей версией. Вы можете попробовать создать новый проект WinForms и посмотреть, чем он отличается от вашего текущего проекта, а затем внести соответствующие изменения в ваш текущий проект.