Разница в том, что MySQL - это сервер базы данных, а SQLite - это механизм базы данных, который работает с отдельными файлами базы данных.
Вы правы в том, что файл базы данных SQLite можно просто загрузить, если он помещен прямо в веб-приложение, где любой может получить к нему доступ.
Большинство провайдеров серверов предлагают папку, в которую вы можете помещать подобные файлы, чтобы веб-приложение могло к нему обратиться, но его нельзя загрузить напрямую.
Вы также можете дополнительно добавить защиту в файл базы данных SQLite. Смотрите этот вопрос:
Защита паролем БД SQLite. Возможно ли это?