Один из способов сделать это - заставить вашу DLL применять хуки API к EXE при загрузке DLL. Затем всякий раз, когда EXE вызывает одну из функций выделения памяти (например, HeapAlloc), он передается в ваш код. Существует несколько API-интерфейсов для выделения памяти, поэтому получите их все или просто получите то, что используют операторы new / delete (скорее всего HeapAlloc / HeapFree).
Может быть, не ортодоксально, но если вы хотите делать то, что говорите ... это путь. Если у вас есть доступ к исходному коду как EXE-файла, так и DLL, вероятно, есть более подходящие решения.